Основната цел на звено „Вътрешен одит” е да осъществява дейността по вътрешен одит на всички структури, програми, дейности и процеси в НСИ, включително на разпоредителите със средства на Европейския съюз и на второстепенните разпоредители с бюджетни кредити към НСИ.

Звено "Вътрешен одит":

1. планира, извършва и докладва дейността по вътрешен одит в съответствие с действащото законодателство, Стандартите за вътрешен одит, Етичния кодекс на вътрешните одитори, Статута на звеното за вътрешен одит и утвърдената от министъра на финансите методология за вътрешен одит в публичния сектор;

2. изготвя на базата на оценка на риска 3-годишен стратегически план и годишен план за дейността си, които съгласува с председателя на НСИ;

3. изготвя одитен план за всеки одитен ангажимент, който съдържа обхват, цели, времетраене и разпределение на ресурсите за изпълнение на ангажимента, одитния подход и техники, вид и обем на проверките;

4. дава независима и обективна оценка за състоянието на одитираните системи за финансово управление и контрол;

5. проверява и оценява съответствието на дейността със законите, подзаконовите нормативни актове, вътрешните актове и договорите; надеждността и всеобхватността на финансовата и оперативната информация; създадената организация по опазване на активите и информацията, както и ефективността, ефикасността и икономичността на операциите и изпълнението на договорите и поетите ангажименти;

6. консултира председателя и останалото ръководство на НСИ по тяхно искане, като дава съвети, мнение, обучение и др. с цел да се подобрят процесите на управление на риска и контрола, без да поема управленска отговорност за това;

7. докладва и обсъжда с председателя и с ръководителите на структурите, чиято дейност е одитирана, резултатите от всеки извършен одитен ангажимент и представя одитен доклад;

8. дава препоръки в одитните доклади за подобряване на адекватността и ефективността на системите за финансово управление и контрол, подпомага председателя на НСИ при изготвянето на план за действие и извършва проверки за проследяване изпълнението на препоръките;

9. изготвя и представя на председателя на НСИ годишен доклад за дейността по вътрешен одит, който се изпраща на дирекция "Вътрешен контрол" при МФ до 28 февруари следващата година;

10. осигурява повишаването на професионалната квалификация на вътрешните одитори и осъществява контакти с другите звена за вътрешен одит от организациите от публичния сектор с цел обмяна на добри практики.